Ключовата разлика между колонизацията и инфекцията е, че колонизацията е процес на установяване на микроба в телесните тъкани, докато инфекцията е процес на нахлуване на телесни тъкани от микроба, за да предизвика симптомите на заболяването.
Патогенността на микробите е цялостен биохимичен и структурен процес, който се определя от пълния механизъм, в който микроорганизмът причинява заболяването. Например, патогенността на бактериите може да бъде свързана с различни компоненти на бактериалната клетка като капсула, фимбрии, липополизахариди (LPS) и други компоненти на клетъчната стена. Също така можем да го свържем с активната секреция на вещества, които увреждат тъканите на гостоприемника или предпазват бактериите от защитата на гостоприемника. Колонизацията и инфекцията са два термина за микробна патогенност. Първият етап от микробната патогенност е колонизацията. Известно е като правилното установяване на патогена в тъканите на гостоприемника. Напротив, инфекцията е инвазия на телесните тъкани от патогена, за да причини болестта.
