Ключовата разлика между хидрофобните и хидрофилните аминокиселини е, че хидрофобните аминокиселини са неполярни, докато хидрофилните аминокиселини са полярни.
Аминокиселините са градивните елементи на протеините. Протеинът е гигантска полимерна молекула, която е съществен компонент на всички живи организми. Освен това аминокиселините са главно в два вида като основни и несъществени аминокиселини. Освен това можем да ги категоризираме като хидрофилни и хидрофобни аминокиселини в зависимост от тяхната физикохимична природа. Те се различават един от друг главно въз основа на полярността.