Основната разлика между цианобактериите и водораслите е, че цианобактериите са група прокариотни бактерии, докато водораслите са малки еукариотни растителни организми.
Фотосинтезата е изключително важен процес, който превръща енергията на слънчевата светлина в химическа енергия на въглехидратите. Следователно процесът е този, който позволява на определени организми да произвеждат собствени храни и тези организми са известни като фотоавтотрофи. По същия начин зелените растения, водораслите и цианобактериите са три вида фотоавтотрофи. Сред тези три вида цианобактериите са прокариоти, които са бактерии. От друга страна, зелените растения и водораслите са еукариотни организми. Когато се разглеждат цианобактерии и водорасли, те са микроскопични организми, за разлика от зелените растения. Цианобактериите и водораслите обаче се различават един от друг главно по клетъчната организация. Целта на тази статия е да обясни разликата между цианобактериите и водораслите.