Ключовата разлика между цианобактериите и протеобактериите не може да бъде изведена конкретно. Въпреки това, цианобактериите, известни като синьо-зелени водорасли, са напълно фотосинтетични, докато протеобактериите са съставени от голямо разнообразие от грам отрицателни организми, от които някои организми са фотосинтетични.
Въпреки че цианобактериите и протеобактериите споделят много общи характеристики, въз основа на способността им да фотосинтезират, те могат да се различават помежду си. И двамата обаче са важни в промишлен план организми, както и болестотворни организми.
