Ключовата разлика между фотосистема 1 и фотосистема 2 е, че фотосистемата 1 има реакционен център, съставен от хлорофил, молекула P700, която абсорбира светлината при дължина на вълната 700 nm. От друга страна, фотосистемата II има реакционен център, включващ хлорофил, молекула P680, която абсорбира светлината с дължина на вълната 680 nm.
Фотосистемите представляват колекция от хлорофилни молекули, допълнителни пигментни молекули, протеини и малки органични съединения. Има две основни фотосистеми; фотосистема I (PS I) и фотосистема II (PS II), присъстващи в тилакоидните мембрани на хлоропластите в растенията. И двамата осъществяват светлинната реакция на фотосинтезата. Съответно, растенията по същество се нуждаят от двете фотосистеми. Това е така, защото отнемащите електрони от водата изискват повече енергия, отколкото светлинно активираната фотосистема, която мога да доставя. Следователно, фотосистема II може да абсорбира светлина с по-къса дължина на вълната (с по-висока енергия) и да се свързва в тандем с PS I, позволявайки нецикличен електронен поток.
