Ключовата разлика между протон и електрон е, че протонът е субатомна частица, намираща се в ядрото на атом, докато електроните са частици, които обикалят около ядрото.
Атомите са градивните елементи на всички съществуващи вещества. Атомът съдържа ядро, което има протони и неутрони. Електроните обикалят около ядрото в орбитали. Освен това в ядрото има и други малки субатомни частици. По-голямата част от пространството в атома е празно. Привлекателните сили между положително зареденото ядро (положителен заряд поради протоните) и отрицателно заредените електрони поддържат формата на атома.