Основната разлика между покритосеменните и голосеменните е, че покритосеменните имат цветя и плодове, докато голосеменните нямат цветя или плодове.
Семенните растения произвеждат семена. Има две основни групи семенни растения: покритосеменни (цъфтящи растения) и голосеменни. Покритосеменните раждат затворени семена в плодовете, докато голосеменните раждат голи семена. Освен това покритосеменните произвеждат характерно цвете като репродуктивна структура, докато голосеменните нямат цветя. По същия начин има огромни разлики между покритосеменните и голосеменните.