Ключовата разлика между мюоните и мезоните е, че мюоните са вид елементарни частици, които нямат субструктура, докато мезоните са вид адронни субатомни частици, които имат двойка кварк и антикваркова частица.
Мюоните и мезоните са два вида частици в материята. Мюоните са вид елементарни частици като електрони и не можем да ги разделим допълнително на по-малки структури (като кварки). Но мезоните са малко по-големи от мюоните и съдържат кваркови и антикваркови частици; по този начин те попадат в различна категория, наречена адронни субатомни частици. Терминът адронно означава, че съдържа две или повече частици кварк, а субатомните частици са по-малки структури от томите, които изграждат структурата на атома.