Ключовата разлика между порините и аквапорините е, че порините са пълни с вода пори и канали, намиращи се в мембраните на бактериите и еукариотите. Междувременно аквапорините са мембранни протеини, които образуват водоселективни канали в живите клетки.
Различни молекули влизат и излизат от клетката през плазмената мембрана в живите организми. По този начин в плазмената мембрана има различни мембранни протеини за поддържане и регулиране на молекулите, влизащи и излизащи от клетките. Порините и аквапорините са два такива типа мембранни протеини. От тях порините са пълни с вода пори, които улесняват транспортирането на хидрофилни молекули през мембраната. Междувременно аквапорините са селективни за вода канали, които позволяват на водата да преминава свободно през мембраната.
