Ключовата разлика между метода на агарен кладенец и дифузионния метод е, че при дифузионния метод на агарен кладенец разтворът на екстракта се запълва в отвор или кладенче, създадено върху агаровата среда, докато при дифузионния метод на агарен диск, филтърна хартия, съдържаща тествания разтвор поставени върху повърхността на агара.
Микроорганизмите са причинители на много заболявания. Съществуват различни антимикробни агенти, които убиват микроорганизмите и инхибират или спират техния растеж. Налични са различни методи за скрининг и оценка за откриване на антимикробна активност. Сред тях методите за дифузия на агарни кладенци и дифузионните дискове с агар са често използвани методи при in vitro анализ, които са дифузионни методи за агар. Тези методи се използват широко, тъй като не изискват специално оборудване и допълнителна оценка за възпроизводимост и стандартизация. И двата метода зависят от дифузията на антимикробния агент през агаровата среда.
