Ключовата разлика между CDS и cDNA е, че CDS или кодиращата последователност е частта от транскрипта, която всъщност се превежда в протеин, докато cDNA последователността е DNA последователност, получена от mRNA чрез обратна транскрипция.
Генът е нуклеотидна последователност, която кодира протеин. Състои се от различни региони като промоторен регион, място за започване на транскрипция, екзони, начален кодон, интрони и стоп кодон. Следователно, генът има както кодиращи, така и некодиращи последователности. Кодиращите последователности или CDS се отнасят до екзоните и два кодона, които са начален кодон и стоп кодон. Това е последователността, която всъщност се превръща в протеин. За разлика от това, cDNA е ДНК последователност, получена от mRNA чрез обратна транскрипция.
