Ключовата разлика между праймера и промотора е, че праймерът е комерсиално синтезирана къса ДНК последователност, която се използва в PCR за амплификация на прицелна ДНК последователност, докато промоторът е специфична ДНК последователност, която осигурява сигурно начално свързващо място за РНК полимераза и транскрипционни фактори в за започване на транскрипция.
Праймерът и промоторът са два вида ДНК последователности. Праймерът е малък фрагмент от ДНК, необходим за полимеразна верижна реакция (PCR). Той има къси нуклеотидни последователности, допълващи фланговия край на ДНК веригата. Има два вида праймери и те работят като отправна точка за синтеза на нови ДНК вериги. За разлика от това, промоторът е специфична ДНК последователност, разположена нагоре по веригата до мястото на иницииране на транскрипцията на ген. Той директно взаимодейства с компонентите на транскрипционния механизъм като РНК полимераза и транскрипционни фактори, за да контролира ДНК транскрипцията. Следователно, РНК полимераза и други транскрипционни фактори се свързват с промоторната последователност и инициират транскрипция.
