Ключова разлика - Сонда срещу грунд
Молекулярната сонда е малък фрагмент от ДНК или РНК, който разпознава комплементарните последователности в ДНК или РНК и позволява идентифициране на целевата последователност. Праймерът е малък участък от ДНК или РНК, който служи като отправна точка за синтеза на ДНК. Праймерите и сондите се хибридизират с комплементарните нуклеотиди на матричната ДНК или целевата ДНК. Ключовата разлика между сондата и праймера обаче е, че праймерите са необходими за репликация на ДНК, докато сондите са необходими за откриване на специфични последователности в пробата ДНК.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Общ преглед и ключова разлика
2. Какво е сонда
3. Какво е грунд
4. Сравнение успоредно - сонда срещу грунд
5. Резюме
Какво е сонда?
Сондата е малък фрагмент от ДНК или РНК, използван за откриване на целевата ДНК или РНК в пробата чрез молекулярна хибридизация. Те са известни и като молекулярни маркери. Дължината на сондата може да варира (100 до 1000 бази) и нуклеотидите на сондата са комплементарни към частта от прицелната последователност. За по-лесно откриване сондите са маркирани с радиоактивни изотопи или с флуоресцентни багрила или антитела. Сондите се свързват с комплементарните основи на прицелната последователност и разкриват присъствието на прицелната ДНК или РНК в пробата. Има два основни метода за етикетиране на сонди: крайно етикетиране и превод на ник. Сондите се категоризират в различни типове, включително ДНК сонди, РНК сонди, cDNa сонди и синтетични олигонуклеотидни сонди и се приготвят с помощта на различни техники.
Сондите са важни инструменти в много микробни и молекулярни области като вирусология, криминалистична патология, тестване на бащинство, ДНК пръстови отпечатъци, откриване на генетични заболявания, RFLP, молекулярна цитогенетика, хибридизация in situ и др.
Фигура 01: Флуоресцентно маркирана сонда, използвана в FISH за откриване на патогени
Какво е буквар?
Праймерът е къс ДНК или РНК фрагмент, който служи като инициатор за синтез на ДНК. ДНК полимеразният ензим добавя нуклеотиди към 3 'OH групата на праймерната последователност и синтезира новата верига, комплементарна на матричната ДНК. Праймерите са много къси фрагменти с дължина от 18 до 20 нуклеотида. Те се синтезират химически в лабораторията за ин витро амплификация на ДНК (PCR). Праймерите могат да имат всяка последователност от нуклеотиди, тъй като те са проектирани от потребителя. Те се синтезират, за да съвпадат с комплементарните основи на матричната ДНК. Следователно той може да има всякаква последователност от нуклеотиди. Праймерите са от първостепенно значение за репликацията на ДНК, тъй като ДНК полимеразата не може да синтезира нова ДНК без предварително съществуваща част от ДНК. При проектирането на праймерите за PCR трябва да се имат предвид следните неща:
- Праймерите трябва да съдържат комплементарните нуклеотиди към фланговия край на ДНК, която иска да се амплифицира.
- Грундовете трябва да имат температура на топене между 55 - 65 0 C
- Съдържанието на G и C трябва да бъде между 50 и 60%.
В PCR се използват два праймера като напред и назад, за да се възпроизведат и двете вериги на пробата ДНК. Праймерите обикновено се използват за извършване на PCR и ДНК секвениране.
Фигура 02: Отглеждане на праймера в PCR
Каква е разликата между Probe и Primer?
Различна статия Средна преди таблица
Сонда срещу грунд |
|
| Сондата е малък фрагмент от ДНК / РНК, използван за откриване на присъствието на целевата последователност в проба чрез молекулярна хибридизация. | Праймерът е малък участък от ДНК или РНК, който служи като отправна точка за репликация на ДНК. |
| Функция | |
| Това открива наличието на специфична последователност в пробата от ДНК или РНК. | Това действа като отправна точка за синтеза на ДНК. |
| Дължина | |
| Дължината може да бъде от порядъка на 100 - 1000 основи | Дължината обикновено е около 18 - 20 бази |
| Обвързване с допълнителна последователност | |
| Сондата хибридизира с комплементарните основи на целевата последователност | Грунд отгрява с допълнителните основи на ДНК веригите. |
| Етикетиране | |
| Сондите са етикетирани за лесно откриване | Грундовете обикновено не са етикетирани |
| Използване при PCR | |
| Сондите не се използват при PCR | Праймерите се използват при PCR |
Резюме - Сонда срещу грунд
Сондата е малък фрагмент от ДНК или РНК последователност, който може да бъде хибридизиран с комплементарни нуклеотиди за откриване на целева последователност в пробата. Сондите се маркират радиоактивно, имунологично или флуоресцентно, за да се види наличието на целевата последователност. Праймерът е много малък ДНК или РНК фрагмент, който действа като отправна точка за ин витро амплификация на ДНК. ДНК полимеразата идентифицира 3 'OH грунд праймер и инициира изграждането на нова верига, допълваща шаблона. Сондите и праймерите работят по подобен начин чрез хибридизиране с комплементарни нуклеотиди. По този начин ключовата разлика между сондата и грунда е тяхната основна функция.
