Основната разлика между полизахаридни и конюгирани ваксини е, че полизахаридните ваксини съдържат само свободни полизахариди като антигени, докато конюгираните ваксини съдържат полизахариди, комбинирани с протеинова молекула.
Полизахаридните и конюгираните ваксини са два вида ваксини. Полизахаридните ваксини съдържат само полизахаридната капсула като антиген за стимулиране на имунен отговор. Следователно те причиняват незначителен имунен отговор в сравнение с конюгираните ваксини. Конюгираните ваксини съдържат полизахариди, конюгирани с имуногенен протеин. Следователно, те провокират по-силен имунен отговор. Освен това конюгираните ваксини установяват B-клетъчна памет и дългосрочна имунизация. Понастоящем конюгираните ваксини значително са заменили полизахаридните ваксини.
