Ключовата разлика между пепсин и протеаза е, че пепсинът е един вид протеаза, докато протеазата е ензим, който разцепва протеина в аминокиселини.
Протеините са важни макромолекули, направени от различни аминокиселини. Аминокиселините са градивните елементи на протеините и те се полимеризират в протеини чрез амидни връзки. Някои ензими могат да разграждат протеините до аминокиселини и те са известни като протеази. Съществуват различни видове протеази, които се различават според механизма на хидролиза. Сред тях пепсинът, който е стомашна протеаза, е един такъв тип.
