Ключовата разлика между трансформацията и трансдукцията е, че трансформацията е механизъм, който променя генетичния материал на бактериите чрез директно поглъщане на екзогенен генетичен материал от околната среда през клетъчната мембрана и включването му в генома, докато трансдукцията е инжектиране на чужда ДНК чрез вирус на бактериофаг в бактерията гостоприемник.
Конюгацията е добре познат метод за рекомбинация на ДНК, който може да се намери както при еукариотите, така и при прокариотите. Учените са открили, че е възможно да се прехвърли ДНК от една бактериална клетка в друга чрез други два механизма: трансформация и трансдукция. Подобно на конюгацията, тези два механизма прехвърлят ДНК в една посока и се получава рекомбинация между алелите в хомоложни ДНК области. И двата механизма пренасят много малко количество ДНК и не пренасят цялата клетъчна хромозома.
