Основната разлика между бактериоцин и антибиотик е, че бактериоцинът е протеинов токсин, произведен от бактерии срещу тясно свързан бактериален щам, докато антибиотикът е антибактериално вещество и вторичен метаболит, който убива или инхибира растежа на бактериите.
Антимикробните вещества имат способността да убиват патогенни микроорганизми или да забавят растежа и размножаването им. Антимикробните средства могат да бъдат антибактериални, противогъбични или антивирусни. Антибактериалните вещества или антибиотиците действат срещу бактериите, докато противогъбичните вещества действат срещу патогенните гъбички. Антивирусните лекарства убиват вирусите. Следователно антибиотиците са вид най-ефективните антибактериални вещества, които могат да се използват за борба с бактериалните инфекции. Бактериоцинът е протеинов токсин, произведен от бактерии. Действа срещу тясно свързани бактериални щамове. По този начин и антибиотикът, и бактериоцинът притежават антибактериална активност.