Ключовата разлика между хомозиготен и хетерозиготен е, че хомозиготният означава, че и двата алела са сходни за даден признак, докато хетерозиготен означава, че двата алела са различни за даден признак.
Гените, наследени от родителските хромозоми, контролират всички характери или черти на животни, растения и всички други живи същества. Това е основната причина за показване на родителските характеристики в потомството. Повечето еукариотни организми имат два комплекта гени, известни като гени на майката и гени на бащата. Следователно генетичната ситуация е известна като диплоидна (два комплекта хромозоми). Това означава; всички черти имат генетични компоненти както от майката, така и от бащата. Тези гени обаче могат да бъдат или доминиращи, или рецесивни един над друг и именно там хомозиготните и хетерозиготните характеристики стават важни. Хомозиготният е състояние на два доминантни алела (AA) или два рецесивни алела (aa), докато хетерозиготният е състояние на един доминиращ алел и един рецесивен алел (Aa).
