Ключовата разлика между функционалната група и заместителя е, че функционалната група е активна част от молекулата, докато заместителят е химичен вид, който може да замести атом или група атоми в молекулата.
Термините функционална група и заместител често се срещат в органичната химия. Функционалната група е специфичен тип заместител, който причинява активността на молекулата. Това означава, че реакциите, на които се подлага определена молекула, се определят от функционалната група. Заместителят обаче може да бъде или активен химичен вид, или неактивен химичен вид.