Ключовата разлика между флуороводородната киселина и солната киселина е, че флуороводородната киселина е слаба киселина, докато солната киселина е силна киселина. Също така, флуороводородната киселина е способна да образува водородни връзки, докато солната киселина не е в състояние да образува водородни връзки.
Освен това, една друга важна разлика между флуороводородната киселина и солната киселина е в тяхната молекулярна структура. Молекулата на флуороводородната киселина има флуориден йон, докато молекулата на солната киселина има хлориден йон. Освен това както флуороводородната, така и солната киселина са донори на протони. Следователно тези киселинни молекули могат да се йонизират във водни среди, освобождавайки протони (H +). Тези протони предизвикват киселинността във водната среда.