Ключовата разлика между ферментацията и дишането е, че ферментацията настъпва при липса на кислород, докато дишането се нуждае от кислород.
Организмите изискват енергия за извършване на клетъчни дейности. Следователно те генерират енергийни молекули под формата на АТФ. Те използват различни субстрати и се разпадат в различни форми, а освобождаващата енергия се превръща в енергийни молекули, които могат да бъдат използвани от клетките. Глюкозата е основният субстрат на много организми. Ферментацията и дишането са два клетъчни процеса, които генерират енергия чрез разграждане на глюкозата в няколко стъпки. Дишането обаче е по-ефективно и произвежда повече АТФ молекули от ферментацията.
