Ключовата разлика между изопентан и неопентан е, че изопентанът съдържа четиричленна въглеродна верига с една метилова група, прикрепена към тази верига при втория въглероден атом на веригата, докато неопентанът съдържа един въглероден център, прикрепен с четири метилови групи.
Изопентанът и неопентанът са структурни изомери един на друг. Следователно и двете съединения имат една и съща химична формула; С 5 Н 12. Въпреки това, поради разликата между изопентан и неопентан в техните химични структури, те имат различни химични и физични свойства. Друга забележителна разлика между изопентан и неопентан е, че изопентанът съществува като безцветна течност, докато неопентанът е безцветен газ при стандартна температура и налягане.