Ключовата разлика между въглехидратите и протеините е, че монозахаридите или простите захари са мономерите на въглехидратите, докато аминокиселините са мономерите на протеините.
Въглехидратите и протеините са два вида макромолекули. Освен това те са органични съединения, съставени от въглеродни, водородни и кислородни атоми. Освен това протеините съдържат азот, сяра и фосфор. И двата вида макромолекули са важни органични съединения и те изпълняват много различни функции в рамките на живите организми. Те обаче се различават структурно и функционално. Монозахаридите са градивните елементи на въглехидратите, докато аминокиселините са градивните елементи на протеините.