Ключовата разлика между секвенирането на пушка и секвенцията от следващо поколение е, че секвенирането на пушка е метод на секвениране, който произволно разделя ДНК последователностите на много малки фрагменти и сглобява последователността повторно, като наблюдава припокриващите се области, докато следващото секвениране от следващо поколение (NGS) е усъвършенстван метод за генетично секвениране, което зависи от капилярната електрофореза.
Секвенирането е процес, който определя точния ред на нуклеотиди в ген, клъстер от гени, хромозома и пълен геном. Много е важно в геномните изследвания, криминалистичните изследвания, вирусологията, биологичната систематика, медицинската диагностика, биотехнологиите и в много други области да се анализира структурата и функцията на гените и идентификацията на организмите. Освен това има различни видове методи за секвениране. Последователността на пушките и последователността от следващо поколение са два усъвършенствани метода сред тях.