Ключова разлика - Микрочипове срещу последователност от следващо поколение
Процесите на ДНК секвениране се използват широко в областта на биотехнологиите, вирусологията, медицинската диагностика и съдебните науки. Това е процес, който определя точния ред на нуклеотидите, аденин, гуанин, тимин и цитозин, присъстващи в ДНК молекула. Процедурите за секвениране на ДНК се превърнаха в ускорител за чудодейни открития в медицинските и биологични изследвания. Тези методи за секвениране са се развили до секвениране на пълен геном на отделни организми, включително хора и други живи видове. Микрочиповете и секвенирането от следващо поколение са съвременни процедури за секвениране на ДНК. Техниката с микрочипове се основава специално на хибридизация, която съдържа набор от известни цели. Следващото поколение секвениране се основава на синтез (който използва ДНК полимераза за включване на нуклеотиди) и има способността да секвенира целия геном, независим от предварително избраните цели. Това е ключовата разлика между микрочиповете и последователността от следващо поколение.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Общ преглед и ключова разлика
2. Какво е микрочип
3. Какво е последователност от следващо поколение
4. Прилики между микрочипове и последователност от следващо поколение
5. Сравнение едно до друго - сравнение на микрочипове срещу следващо поколение в таблична форма
6. Обобщение
Какво е Microarray?
ДНК микрочиповете се използват като лабораторен инструмент за идентифициране на хиляди различни генни експресии едновременно. Това е твърда повърхност, т.е. микроскопско стъкло, което съдържа колекция от микроскопични ДНК петна, отпечатани върху него. Всяко отпечатано петно съдържа известна генна последователност или ген. Тези известни сонди, отпечатани на предметното стъкло, служат като сонди за откриване на генна експресия. Това е известно като транскриптом. Хибридизацията между две ДНК вериги е основният принцип, на който се основават микрочиповете. Това е допълващото сдвояване на база на последователности на нуклеинови киселини с образуването на водородни връзки.
Фигура 01: Микрочип
Първоначално молекулите на иРНК се събират от експерименталната проба и референтната проба, получена от здрав индивид. Експериментални проби се получават от болни индивиди; например индивид, страдащ от рак. Веднъж получени, двете проби от иРНК се превръщат в сДНК (комплементарна ДНК). След това всяка проба се маркира с помощта на флуоресцентна сонда. Флуоресцентните сонди са с различни цветове, за да различат кДНК на пробата от референтната кДНК. За да се инициира свързването на кДНК молекулите с предметното стъкло на микрочипа, двете проби се смесват заедно. Хибридизацията е процесът, чрез който молекулите на cDNA се прикрепват към ДНК сондите на микроплъзгащия се предмет. След като хибридизацията завърши,се провеждат редица реакции, за да се идентифицира и измери експресията на всеки ген с появата на различни цветове според количеството на експресирания ген. Резултатите от микрочиповете се използват при създаването на профил на генна експресия, който може да се използва за идентифициране на различни болестни състояния.
Какво представлява секвенирането от следващо поколение?
Следващо поколение секвениране (NGS) е усъвършенстван метод за генетично секвениране. Принципът му е подобен на този на Sanger Sequencing, който зависи от капилярната електрофореза. В NGS геномната верига е фрагментирана и лигирана в шаблонна верига. Основите на всяка верига се идентифицират от излъчените сигнали по време на процеса на лигиране. В метода на последователността на Sanger са включени три отделни стъпки, секвениране, разделяне и откриване. Поради тези отделни стъпки, автоматизацията на подготовката на пробата е ограничена в производителността. В NGS техниката е разработена, като се използва последователност, базирана на масив, с комбинацията от стъпките на процедурата за секвениране на Sanger, която може да доведе до паралелно провеждане на милиони последователности от реакции едновременно; това води до висока скорост и производителност на ниска цена.
Фигура 02: Развитие в NGS
NGS се състои от три стъпки; подготовка на библиотека (създаване на библиотеки с използване на произволна фрагментация на ДНК), амплификация (амплификация на библиотеката с помощта на клонна амплификация и PCR) и секвениране. Процесите на секвениране на генома, които се извършват за изключително дълго време, като се използва процедурата на Sanger за секвениране, могат да бъдат завършени за няколко часа, като се използва NGS.
Каква е приликата между последователността на микрочиповете и следващото поколение?
И двете микрочипове и последователността от следващо поколение са разработени с помощта на последователност, базирана на масив
Каква е разликата между последователността на микрочиповете и следващото поколение?
Различна статия Средна преди таблица
Микрочипове срещу следващо поколение |
|
| Microarray е колекция от микроскопични ДНК петна, прикрепени към твърда повърхност, която се използва за измерване на нивата на експресия на голям брой гени едновременно. | NGS (следващо поколение секвениране) е не-базирана на Sanger високопроизводителна ДНК технология за секвениране, която улеснява паралелно секвениране на милиони или милиарди ДНК вериги. |
| Взаимодействия с антиген | |
| Microarray се основава на хибридизация, която се състои от набор от известни цели. | NGS се основава на синтез, който използва ДНК полимераза за включване на нуклеотиди и е независим от предварително избрани цели. |
Резюме - Микрочипове срещу последователност от следващо поколение
В контекста на изследванията секвенирането на ДНК се превърна във важен ускорител. Той се използва широко в биотехнологиите, медицинската диагностика и криминалистичните изследвания. Той се е развил и развил в по-ефективни и бързи процедури за последователност. Микрочиповете и NGS са две усъвършенствани техники за секвениране на ДНК. И двете са разработени с помощта на секвенция, базирана на масив. Техниката на микрочиповете разчита на хибридизация, докато NGS се основава на синтез, който използва ДНК полимераза за включване на нуклеотиди. Това е основната разлика между микрочиповете и последователността от следващо поколение.
Изтеглете PDF версия на Microarray срещу последователност от следващо поколение
Можете да изтеглите PDF версия на тази статия и да я използвате за офлайн цели според бележката към цитата. Моля, изтеглете PDF версия тук Разлика между микрочиповете и последователността от следващо поколение
