Ключовата разлика между генетичното разстояние и физическото разстояние е типът на последователността, използван при анализ на разстоянието между две популации от един и същи вид. Генетичното разстояние измерва генетичната дивергенция между видовете или между популациите в даден вид, докато физическото разстояние измерва броя на нуклеотидите между двата маркера.
Генетичното разстояние и физическото разстояние осигуряват представа за еволюционните връзки между две популации на даден вид. Следователно картите на разстоянието осигуряват свързване на популациите въз основа на генетични данни. Последователността на генома и анализът на биоинформатиката играят важна роля за определяне както на генетични, така и на физически разстояния.
