Ключовата разлика между диференциацията и морфогенезата е, че диференциацията описва как клетките се специализират, за да изпълняват уникални функции, докато морфогенезата описва развитието на формите на живите организми.
Многоклетъчните организми започват живота си от една клетка, или образуват спора или зигота. Следователно клетъчната диференциация и морфогенезата са два различни и основни процеса, които се случват по време на развитието на многоклетъчен организъм. Диференциацията е процес на формиране на различни специализирани клетъчни типове. Това води до съзряване на клетките и тъканите, които изпълняват специфични за организма функции. От друга страна, морфогенезата е процес на развитие на различни форми на живи организми. Той определя формата на клетките, тъканите, органите или организмите.
