Ключовата разлика между регулаторния и репресорния протеин е, че регулаторният протеин може да насърчава или инхибира транскрипцията на гени. Междувременно репресорният протеин инхибира експресията на един или повече гени.
Преди да продължим по-нататък в дискусията за разликата между регулаторния и репресорния протеин, нека накратко обсъдим генната регулация. Генът е специфична нуклеотидна последователност, в която генетичната информация е скрита, за да се синтезира протеин. Експресията на гени може да се регулира по различни начини. Чрез различни механизми клетките контролират експресията на гените и техните нива на експресия. Като цяло, генната регулация се случва на ниво транскрипция. Регулаторният протеин и репресорният протеин са два вида протеини, участващи в генната регулация на ниво транскрипция. Тези регулаторни протеини и репресорни протеини се свързват със специфична последователност в близост до гена и влияят на транскрипцията на гена.