Ключовата разлика между бактериохлорофила и хлорофила е, че аноксигенните фототрофи, като лилави бактерии, хелиобактерии и зелени сярни бактерии и др., Имат бактериохлорофили, докато кислородните фототрофи като зелени растения, водорасли и цианобактерии имат хлорофили.
Има два вида фотосинтеза; кислородна фотосинтеза и аноксигенна фотосинтеза. Съществуват и два вида фотосинтетични пигменти като хлорофил и бактериохлорофил. Кислородните фототрофи имат хлорофил, докато аноксигенните фототрофи имат бактериохлорофил. Бактериохлорофилът и хлорофилът са сходни в цялостната структура. Но те се различават по заместванията около пръстена и по дължината и заместванията на фитолната опашка. Има четири вида хлорофили, докато има седем вида бактериохлорофили.
