Ключовата разлика между центромера и хромомера е, че центромерата е стеснена област, която свързва сестринските хроматиди заедно в хромозома, докато хромомерата е линейно подредена структура, подобна на зърна, присъстваща по дължината на хромозомата.
Хромозомата е нишковидна структура, съставена от нуклеинови киселини и протеини. Те съдържат генетичната информация на организма. В хромозомата има няколко различни области, включително хроматиди, центромери, хромомери и теломери. Центромерата е видимата точка на свиване в хромозомата. Той обединява сестринските хроматиди и е важен по време на клетъчното делене. За разлика от това, хромомерите са плътно навит хроматин, присъстващ по дължината на хромозомата. Те се появяват като мъниста на низ. Те носят гени по време на наследяване.