Ключовата разлика между съставния хетерозигот и двойния хетерозигот е, че съставният хетерозигот е индивид, който има два различни мутирали алела в определен генен локус, докато двойният хетерозигот е индивид, който е хетерозиготен в два отделни генетични локуса.
Като цяло генът има два алела, тъй като организмите са диплоидни. Алелите са вариантните форми на ген. Те се намират в генетичен локус на хромозома. Има доминантни алели, както и рецесивни алели. Ако индивидът има два различни алела (един доминиращ и един рецесивен (Aa)) за локус, ние го наричаме хетерозигота. Условието за наличие на два различни алела за ген се нарича хетерозиготно състояние. Съставните хетерозиготи и двойните хетерозиготи са два вида хетерозиготни ситуации. Съединеният хетерозигот има два различни мутирали алела в определен генен локус. Двойната хетерозигота е хетерозиготна в два генни локуса.