Ключовата разлика между прототропията и тавтомерията е, че прототропията обсъжда две форми на молекула, които се различават една от друга само в положението на определен протон, докато тавтомерията обсъжда взаимното превръщане на два структурни изомера чрез преместване на атоми или връзки.
Прототропията е форма на тавтомеризъм; това е най-често срещаната форма на тавтомеризъм. Тавтомеризмът е концепция в органичната химия, която описва превръщането на един структурен изомер в друг изомер чрез преместване на атоми или връзки. Ако преместването се случи в протон в молекулата, тогава ние го наричаме прототропия. Следователно този тип тавтомеризъм е известен като прототропно-тавтомерия.
