Ключова разлика - Секвениране на микрочипове срещу РНК
Транскриптомът представлява цялото съдържание на РНК, присъстваща в клетка, включително мРНК, рРНК, тРНК, разградена РНК и неразградена РНК. Профилирането на транскриптома е важен процес, за да се разберат прозренията на клетките. Има няколко усъвършенствани метода за профилиране на транскриптом. Микрочиповете и последователността на РНК са два вида технологии, разработени за анализ на транскриптома. Ключовата разлика между микрочиповете и РНК секвенирането е, че микрочиповете се основават на хибридизационния потенциал на предварително проектирани маркирани сонди с целеви сДНК последователности, докато РНК секвенирането се основава на директното секвениране на сДНК вериги чрез усъвършенствани техники за секвениране като NGS. Микрочиповете се извършват с предварителни познания за последователностите, а РНК секвенирането се извършва без предварителното знание за последователностите.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Общ преглед и ключова разлика
2. Какво е микрочип
3. Какво е РНК секвениране
4. Равно до сравнение - микрочипове срещу РНК секвениране
5. Резюме
Какво е Microarray?
Microarray е надежден, надежден и високопроизводителен метод, използван за профилиране на транскриптоми от учените. Това е най-популярният подход за анализ на стенограмите. Това е евтин метод, който зависи от хибридизационните сонди.
Техниката започва с извличане на тРНК от пробата и изграждане на сДНК библиотека от обща РНК. След това се смесва с флуоресцентно маркирани предварително проектирани сонди върху твърда повърхност (точкова матрица). Допълнителните последователности се хибридизират с маркираните сонди в микрочипа. След това микрочипът се измива и преглежда и изображението се измерва количествено. Събраните данни трябва да бъдат анализирани, за да се получат относителните профили на изрази.
Интензивността на сондите с микрочипове се приема пропорционална на количеството транскрипти в пробата. Точността на техниката обаче зависи от проектираните сонди, предварително познаване на последователността и афинитета на сондите за хибридизация. Следователно технологията с микрочипове има ограничения. Техниката с микрочипове не може да се извършва с преписи с ниско количество. Не успява да разграничи изоформите и да идентифицира генетични варианти. Тъй като този метод зависи от хибридизацията на сондите, някои проблеми, свързани с хибридизацията, като кръстосана хибридизация, неспецифична хибридизация и др., Възникват в техниката на микрочипове.
Фигура 01: Микрочип
Какво е РНК секвениране?
РНК секвениране на пушка (RNA seq) е наскоро разработена цяла техника на секвениране на транскриптоми. Това е бърз и високопроизводителен метод за профилиране на транскриптом. Той директно количествено определя експресията на гени и води до задълбочено изследване на транскриптома. RNA seq не зависи от предварително проектирани сонди или предварително познаване на последователностите. Следователно, RNA seq методът има висока чувствителност и способност да открива нови гени и генетични варианти.
Методът за секвениране на РНК се извършва чрез няколко стъпки. Общата РНК на клетката трябва да бъде изолирана и фрагментирана. След това, като се използва обратна транскриптаза, трябва да се подготви cDNA библиотека. Всяка верига на cDNA трябва да се лигира с адаптери. След това лигираните фрагменти трябва да бъдат усилени и пречистени. Накрая, използвайки NGS метод, трябва да се извърши секвениране на cDNA.
Фигура 02: РНК секвениране
Каква е разликата между Microarray и RNA секвениране?
Различна статия Средна преди таблица
Микрочипове срещу РНК секвениране |
|
| Microarray е надежден, надежден метод с висока производителност. | РНК последователността е точен и високопроизводителен метод. |
| Разходи | |
| Това е евтин метод. | Това е скъп метод. |
| Анализ на голям брой проби | |
| Това улеснява анализирането на голям брой проби едновременно. | Това улеснява анализа на голям брой проби. |
| Анализ на данни | |
| Анализът на данните е сложен. | Повече данни се генерират при този метод; следователно процесът е по-сложен. |
| Предварително познаване на последователностите | |
| Този метод се основава на хибридизационни сонди, така че са необходими предварителни познания за последователностите. | Този метод не зависи от предварителните познания за последователността. |
| Структурни вариации и нови гени | |
| Този метод не може да открие структурни вариации и нови гени. | Този метод може да открие структурни вариации като сливане на гени, алтернативно сплайсинг и нови гени. |
| Чувствителност | |
| Това не може да открие разлики в експресията на изоформи, така че това има ограничена чувствителност. | Това има висока чувствителност. |
| Резултат | |
| Това може да доведе само до относителни нива на изразяване. Това не дава абсолютна количествена оценка на генната експресия. | Той дава абсолютни и относителни нива на изразяване. |
| Анализ на данните | |
| Това трябва да се повтори, за да се анализира отново. | Данните за секвениране могат да бъдат анализирани повторно. |
| Нужда от специфичен персонал и инфраструктура | |
| За микрочиповете не се изисква специфична инфраструктура и персонал. | Специфична инфраструктура и персонал, необходими за последователността на РНК. |
| Технически въпроси | |
| Техниката с микрочипове има технически проблеми като кръстосана хибридизация, неспецифична хибридизация, ограничена степен на откриване на отделни сонди и др. | RNA seq техниката избягва технически проблеми като кръстосана хибридизация, неспецифична хибридизация, ограничена степен на откриване на отделни сонди и др. |
| Пристрастия | |
| Това е пристрастен метод, тъй като зависи от хибридизацията. | Пристрастието е ниско в сравнение с микрочипа. |
Обобщение - Микрочипове срещу РНК секвениране
Методите за секвениране на микрочипове и РНК са платформи с висока производителност, разработени за профилиране на транскриптоми. И двата метода дават резултати, които са силно свързани с профилите на генна експресия. РНК секвенирането обаче има предимства пред микрочиповете за анализ на генната експресия. РНК секвенирането е по-чувствителен метод за откриване на транскрипти с ниско изобилие от микрочипове. РНК секвенирането също така позволява диференциацията между изоформите и идентифицирането на генни варианти. Въпреки това, микрочиповете са често срещаният избор на повечето изследователи, тъй като последователността на РНК е нова и скъпа техника с предизвикателства за съхраняване на данни и сложен анализ на данни.
