Разлика между микрочиповете и РНК секвенирането

2024 Автор: Mildred Bawerman | [email protected]. Последно модифициран: 2023-12-16 08:37

Ключова разлика - Секвениране на микрочипове срещу РНК

Транскриптомът представлява цялото съдържание на РНК, присъстваща в клетка, включително мРНК, рРНК, тРНК, разградена РНК и неразградена РНК. Профилирането на транскриптома е важен процес, за да се разберат прозренията на клетките. Има няколко усъвършенствани метода за профилиране на транскриптом. Микрочиповете и последователността на РНК са два вида технологии, разработени за анализ на транскриптома. Ключовата разлика между микрочиповете и РНК секвенирането е, че микрочиповете се основават на хибридизационния потенциал на предварително проектирани маркирани сонди с целеви сДНК последователности, докато РНК секвенирането се основава на директното секвениране на сДНК вериги чрез усъвършенствани техники за секвениране като NGS. Микрочиповете се извършват с предварителни познания за последователностите, а РНК секвенирането се извършва без предварителното знание за последователностите.

СЪДЪРЖАНИЕ

1. Общ преглед и ключова разлика

2. Какво е микрочип

3. Какво е РНК секвениране

4. Равно до сравнение - микрочипове срещу РНК секвениране

5. Резюме

Какво е Microarray?

Microarray е надежден, надежден и високопроизводителен метод, използван за профилиране на транскриптоми от учените. Това е най-популярният подход за анализ на стенограмите. Това е евтин метод, който зависи от хибридизационните сонди.

Техниката започва с извличане на тРНК от пробата и изграждане на сДНК библиотека от обща РНК. След това се смесва с флуоресцентно маркирани предварително проектирани сонди върху твърда повърхност (точкова матрица). Допълнителните последователности се хибридизират с маркираните сонди в микрочипа. След това микрочипът се измива и преглежда и изображението се измерва количествено. Събраните данни трябва да бъдат анализирани, за да се получат относителните профили на изрази.

Интензивността на сондите с микрочипове се приема пропорционална на количеството транскрипти в пробата. Точността на техниката обаче зависи от проектираните сонди, предварително познаване на последователността и афинитета на сондите за хибридизация. Следователно технологията с микрочипове има ограничения. Техниката с микрочипове не може да се извършва с преписи с ниско количество. Не успява да разграничи изоформите и да идентифицира генетични варианти. Тъй като този метод зависи от хибридизацията на сондите, някои проблеми, свързани с хибридизацията, като кръстосана хибридизация, неспецифична хибридизация и др., Възникват в техниката на микрочипове.

Фигура 01: Микрочип

Какво е РНК секвениране?

РНК секвениране на пушка (RNA seq) е наскоро разработена цяла техника на секвениране на транскриптоми. Това е бърз и високопроизводителен метод за профилиране на транскриптом. Той директно количествено определя експресията на гени и води до задълбочено изследване на транскриптома. RNA seq не зависи от предварително проектирани сонди или предварително познаване на последователностите. Следователно, RNA seq методът има висока чувствителност и способност да открива нови гени и генетични варианти.

Методът за секвениране на РНК се извършва чрез няколко стъпки. Общата РНК на клетката трябва да бъде изолирана и фрагментирана. След това, като се използва обратна транскриптаза, трябва да се подготви cDNA библиотека. Всяка верига на cDNA трябва да се лигира с адаптери. След това лигираните фрагменти трябва да бъдат усилени и пречистени. Накрая, използвайки NGS метод, трябва да се извърши секвениране на cDNA.

Фигура 02: РНК секвениране

Каква е разликата между Microarray и RNA секвениране?

Различна статия Средна преди таблица

Микрочипове срещу РНК секвениране
Microarray е надежден, надежден метод с висока производителност.	РНК последователността е точен и високопроизводителен метод.
Разходи
Това е евтин метод.	Това е скъп метод.
Анализ на голям брой проби
Това улеснява анализирането на голям брой проби едновременно.	Това улеснява анализа на голям брой проби.
Анализ на данни
Анализът на данните е сложен.	Повече данни се генерират при този метод; следователно процесът е по-сложен.
Предварително познаване на последователностите
Този метод се основава на хибридизационни сонди, така че са необходими предварителни познания за последователностите.	Този метод не зависи от предварителните познания за последователността.
Структурни вариации и нови гени
Този метод не може да открие структурни вариации и нови гени.	Този метод може да открие структурни вариации като сливане на гени, алтернативно сплайсинг и нови гени.
Чувствителност
Това не може да открие разлики в експресията на изоформи, така че това има ограничена чувствителност.	Това има висока чувствителност.
Резултат
Това може да доведе само до относителни нива на изразяване. Това не дава абсолютна количествена оценка на генната експресия.	Той дава абсолютни и относителни нива на изразяване.
Анализ на данните
Това трябва да се повтори, за да се анализира отново.	Данните за секвениране могат да бъдат анализирани повторно.
Нужда от специфичен персонал и инфраструктура
За микрочиповете не се изисква специфична инфраструктура и персонал.	Специфична инфраструктура и персонал, необходими за последователността на РНК.
Технически въпроси
Техниката с микрочипове има технически проблеми като кръстосана хибридизация, неспецифична хибридизация, ограничена степен на откриване на отделни сонди и др.	RNA seq техниката избягва технически проблеми като кръстосана хибридизация, неспецифична хибридизация, ограничена степен на откриване на отделни сонди и др.
Пристрастия
Това е пристрастен метод, тъй като зависи от хибридизацията.	Пристрастието е ниско в сравнение с микрочипа.

Обобщение - Микрочипове срещу РНК секвениране

Методите за секвениране на микрочипове и РНК са платформи с висока производителност, разработени за профилиране на транскриптоми. И двата метода дават резултати, които са силно свързани с профилите на генна експресия. РНК секвенирането обаче има предимства пред микрочиповете за анализ на генната експресия. РНК секвенирането е по-чувствителен метод за откриване на транскрипти с ниско изобилие от микрочипове. РНК секвенирането също така позволява диференциацията между изоформите и идентифицирането на генни варианти. Въпреки това, микрочиповете са често срещаният избор на повечето изследователи, тъй като последователността на РНК е нова и скъпа техника с предизвикателства за съхраняване на данни и сложен анализ на данни.