Ключова разлика - Екзоме срещу РНК секвениране
Последователността на нуклеиновата киселина е техниката, която определя реда на нуклеотидите в определен фрагмент от ДНК или РНК на организма. Секвенирането е важно при идентифицирането на състава на ДНК и РНК на клетката и разграничаването на определени гени, които кодират функционални протеини; по този начин секвенирането може да се използва за разбиране на мутациите на тези гени и генните експресии. Методът на последователността на Sanger или по-усъвършенстваните методи за последователност от следващо поколение са методите за секвениране, които често се използват. Секвенирането на екзоми е секвенирането на пълния набор от екзони или кодиращи ДНК области, присъстващи в организма, докато РНК секвенирането е процедурата за секвениране на рибонуклеиновите киселини (РНК). Това е ключовата разлика между последователността на екзома и РНК.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Общ преглед и ключова разлика
2. Какво е секвениране на екзома
3. какво е секвениране на РНК
4. Прилики между секвениране на екзома и РНК
5. Равно до сравнение - Секвениране на екзома срещу РНК в таблична форма
6. Резюме
Какво е Exome Sequencing?
Екзомът е подмножество на генома, което се състои от кодиращите гени на определен организъм. Кодиращите гени се наричат екзони и се транскрибират в иРНК и след това се транслират в аминокиселинни последователности. По време на модификации след транскрипция, механизмът за сплайсинг на РНК в еукариотите премахва интроните (некодиращите региони) и екзоните остават. Има две основни техники, при които се прави секвениране на екзома: базирани на разтвор и базирани на масив.
При секвениране на екзоми на базата на разтвор, ДНК пробите се фрагментират, използвайки рестрикционни ензими или механичен метод и се денатурират чрез топлина. При тази техника се използват биотинилирани олигонуклеотидни сонди (примамки) за селективна хибридизация с целеви области в генома. За стъпката на свързване се използват магнитни топчета стрептавидин. Свързването е последвано от етап на измиване, където несвързаните и нецелеви последователности се отмиват. След това свързаните мишени се амплифицират с помощта на полимеразна верижна реакция (PCR) и след това се секвенират, използвайки техники на Sanger секвениране или следващо поколение.
Фигура 01: Секвениране на екзоме
Методът, базиран на масив, също е подобен на метода, базиран на разтвор, с изключение на това, че фрагментите на ДНК се улавят в микро масив и след това стъпките на свързване и измиване следват последователността.
Секвенирането на екзома се използва в много приложения като генетична диагностика на заболявания, при генна терапия, при идентифициране на нови генетични маркери, в селското стопанство за идентифициране на различни полезни агрономически черти и в процедурите за развъждане на растения.
Какво е РНК секвениране?
РНК секвенирането се основава на транскриптома, който е пълната транскрипция на клетката. Ключовите цели на РНК секвенирането са да се каталогизират всички видове на транскрипта, включително иРНК, некодираща РНК и малка РНК, да се определи транскрипционната структура на гените и да се определят количествено нивата на експресия на всеки транскрипт по време на развитието. По време на секвениране на РНК първоначално са използвани технологии за хибридизация (които са допълващи ДНК, получени от зрели иРНК последователности) за секвениране. Понастоящем се използва по-точна и усъвършенствана техника за проследяване на РНК за секвениране.
Фигура 02: РНК секвениране
При последователността на РНК проба от РНК, която може да бъде обща РНК или фракционирана РНК, се превръща в нейната комплементарна ДНК (cDNA), използвайки обратна транскрипция, и се приготвя cDNA библиотека. Всеки cDNA фрагмент е прикрепен към адаптери от двете страни (секвенция в края на двойката) или от едната страна (секвенция в един край). Тези маркирани последователности са секвенирани с помощта на секвенция на Сангер или следващо поколение, като екзоме секвениране.
Какви са приликите между секвенирането на екзома и РНК?
- Кратко избрани фрагменти или целият набор от ДНК / РНК могат да се използват за секвениране на Exome или RNA.
- Секвенирани фрагменти се съхраняват в библиотеките.
- Може да се използва последователност на Sanger или последователност от следващо поколение.
- И двете са in vitro методи за секвениране.
- Секвенираните фрагменти могат да бъдат определени чрез флуоресцентни маркери.
Каква е разликата между секвенирането на екзома и РНК?
Различна статия Средна преди таблица
Екзоме срещу РНК секвениране |
|
| Последователността на екзомите е последователността на пълния набор от екзони или кодиращи ДНК области, присъстващи в организма. | РНК секвенирането се отнася до процедурата за секвениране на рибонуклеинови киселини (РНК); преписът. |
| Стартиране на пробата | |
| Геномната ДНК е началната проба от секвениране на екзоми. | РНК е началната проба от РНК секвениране. |
| Състав | |
| Това съдържа само кодиращи области от общата ДНК, известни като Екзони | Това съдържа РНК-иРНК / транскриптом. |
| Последователност | |
| Има два основни метода за секвениране на екзоми; базирани на решения и базирани на масиви технологии. | РНК секвенирането се извършва чрез подготовката на cDNA библиотека чрез извличане на общата РНК или фрагментирана РНК. |
Резюме - Екзоме срещу РНК секвениране
Exome е пълният набор от кодиращи региони на организма и техниките, участващи в определянето на точния нуклеотиден ред на Exome, са известни като секвениране на exome. РНК секвенирането е техника, участваща в определянето на нуклеотидния ред на РНК на организма. Това е разликата между екзома и РНК секвенирането.
Изтеглете PDF версия на Exome срещу РНК секвениране
Можете да изтеглите PDF версия на тази статия и да я използвате за офлайн цели според бележката към цитата. Моля, изтеглете PDF версия тук Разлика между Exome и RNA Sekvenciranje
