Основната разлика между свободния хлор и общия хлор е, че свободният хлор е количеството хлор, което може да инактивира патогенните микроорганизми, присъстващи във водата, докато общият хлор е сумата от комбиниран хлор и свободен хлор. Стойността на свободния хлор винаги е по-ниска от стойността на общия хлор.
Комбинираният хлор е количеството хлор, което реагира с азотсъдържащи съединения, присъстващи във водата. Следователно този хлор не е наличен за процеса на дезинфекция на водата. Това означава, че терминът общ хлор дава общото количество хлор, което е налично и недостъпно за инактивиране на патогенни (причиняващи заболявания) микроорганизми във вода.