Ключовата разлика между фотосинтезата и фотодишането е, че фотосинтезата е процес, при който фотоавтотрофите, главно зелени растения, водорасли и цианобактерии, генерират въглехидрати и кислород от въглероден диоксид и вода, използвайки енергията в слънчевата светлина, докато фотодишането е странична реакция, при която ензимът RuBisCO оксидира RuBP, причинявайки загуба на част от енергията, произведена от фотосинтезата.
Фотосинтезата и фотодишането са два процеса, които се случват в растенията. Фотосинтезата обаче е важен процес, докато фотодишането е разточителен процес. Част от енергията и фиксирания въглерод се губят от фотодишането от ензима, наречен RuBP оксигеназа-карбоксилаза. Следователно фотодишането може да се нарече процес, който намалява ефективността на фотосинтезата в растенията.
