Ключовата разлика между ектомикоризи и ендомикоризи е, че гъбичните хифи не проникват в кортикалните клетки на корените на растенията в ектомикоризи, докато гъбичните хифи проникват в кортикалните клетки на корените на растенията в ендомикоризите.
Микоризата е важна симбиотична връзка, която възниква между гъбичките и корените на висшите растения. И гъбичките, и растенията получават ползи от тази асоциация. Гъбичните хифи проникват в почвата и донасят хранителни вещества за растенията, докато растенията също осигуряват ползи за гъбичките. Следователно това е екологично важна връзка. Най-важното е, че гъбичните хифи могат да растат на няколко метра и да транспортират вода и хранителни вещества, особено азот, фосфор, калий до корените. Освен това микоризната асоциация предпазва растението от патогени на корените. Следователно, симптомите на недостиг на хранителни вещества са по-малко вероятни при растения, които са в тези симбиотични асоциации. Има два вида микоризи като ектомикоризи и ендомикоризи.
