Ключовата разлика между паразита и бактериите е, че бактериите са едноклетъчни микроскопични прокариоти, живеещи навсякъде, докато паразитите са организмите, които живеят върху или в своите гостоприемници, докато причиняват инфекции на гостоприемниците.
Паразитите и бактериите са организми, които приличат на много примитивни организми, но имат големи адаптации, за да оцелеят в различни условия на околната среда. За хората тези организми са от първостепенно значение, тъй като по-голямата част от човешките инфекции се причиняват от тях. Понякога някои бактерии се считат за паразити.