Основната разлика между протеомиката и метаболомиката е, че протеомиката е изследване на всички протеини на организма, докато метаболомиката е изследване на всички метаболити на организма.
Геномиката е изследване на генетичния състав на организма. Протеомиката и метаболомиката са две омически науки, свързани с геномиката. Протеом се отнася до всички протеини в клетка или организъм. Метаболомът, от друга страна, се отнася до всички метаболити на организма. По този начин, изследването на протеома е протеомиката, докато изследването на метаболома е метаболомиката. Както протеомиката, така и метаболомиката са важни при диагностиката на заболяванията и при характеризирането и скрининга на организмите. Нещо повече, и двете са свързани в много аспекти на клетъчната биология, особено в клетъчната сигнализация, разграждането на протеините и генерирането и пост-транслационната модификация.
