Ключовата разлика между генетичния материал на прокариотите и еукариотите е, че генетичният материал на прокариотите плава в цитоплазмата, тъй като те нямат ядро, докато генетичният материал на еукариотите се намира вътре в ядрото. Друга важна разлика между това е, че прокариотите имат малък геном и съдържат плазмиди. Те също имат голяма навита двуверижна кръгла хромозома, докато еукариотите имат по-голям геном и не притежават плазмиди.
Прокариотите и еукариотите са два вида организми. Бактериите и археите са прокариоти. Прокариотите имат проста клетъчна организация. Те нямат ядро и истински органели. От друга страна, еукариотите имат сложна клетъчна организация с мембранно свързано ядро и истински органели. Гъбите, протистите, растенията и животните са еукариоти.