Ключовата разлика между прокариотната и еукариотната топоизомераза е клетъчният произход на топоизомеразата. Прокариотните топоизомерази присъстват в клетките с прокариотен клетъчен произход, докато еукариотните топоизомерази присъстват сред организми с еукариотен клетъчен произход. Освен това те се различават и по разпределението. Прокариотните топоизомерази присъстват в цитоплазмата на клетката, докато еукариотните топоизомерази се разпределят в ядрото.
Изомеразата е група ензими, които катализират структурното пренареждане на молекулите. Топоизомеразата е един вид изомерази. Той модифицира топологията на ДНК молекулата чрез регулиране на ДНК супер намотката. Той отрязва и запечатва една или двете нишки на ДНК дуплекса. Следователно, ДНК може да претърпи репликация, транскрипция, възстановяване и хромозомна сегрегация. Има два вида топоизомерази, а именно топоизомераза I и II.
