Ключовата разлика между химическата и органичната еволюция е, че химическата еволюция се дължи на промени в структурата на молекулите; от сложни молекули до прости молекули с течение на времето, докато органичната еволюция се дължи на промените в генетичния състав на популациите на организмите в отговор на промените в околната среда.
Разликата между химическата и органичната еволюция може да бъде описана лесно въз основа на аспекта, който обектите трябва да се променят по време на еволюцията на земята. По време на химическата еволюция биомолекулите подлежат на промени на различни етапи, увеличавайки сложността на биомолекулите. По време на органичната еволюция отделните видове подлежат на постепенни промени в поколението след поколение. Химическата еволюция възниква преди органичната еволюция.