Ключовата разлика между малтозата и изомалтозата е, че малтозата има две глюкозни единици, свързани помежду си чрез алфа 1-4 връзка, докато изомалтозата има две глюкозни единици, свързани една с друга чрез алфа 1-6 връзка.
Малтозата е дизахарид. Това означава, че има две захарни единици, свързани помежду си. В случай на малтоза и изомалтоза, захарната единица е молекула на глюкозата. Следователно тези две форми на дизахариди се различават една от друга според химическата връзка между двете глюкозни единици. И двете форми на захар обаче намаляват захарите.
