Ключовата разлика между генома и генофонда е, че геномът се отнася до цялата ДНК на организма, докато генофондът се отнася до пълния набор от уникални гени на кръстосване на популация.
Генът е основната структурна единица на наследствеността. Гените преминават от родител към потомство чрез гамети. Също така те присъстват в генома на организма. Геномът е пълният набор от ДНК на организма. Генофондът също е подобен термин. Но той представлява колекцията от всички гени, присъстващи в популация или вид. За разлика от генома, генофондът е смес от гени на популация. Съответно, генофондът представлява всички възможни алели, присъстващи в тази конкретна популация.
