Ключовата разлика между зоопланктон и фитопланктон е, че зоопланктонът е хетеротрофен нефотосинтезиращ планктон, който е или протозоен, или животно, докато фитопланктонът е автотрофен фотосинтетичен планктон, който е или диатомом, цианобактерии или водорасли.
Планктоните са малките организми, които живеят и плават в океаните, моретата или сладководните тела. Повечето от тях са микроскопични и са важни източници на храна за по-големите животни. Има два основни типа планктони, а именно зоопланктон и фитопланктон. Зоопланктоните са хетеротрофни и включват животни, които не са способни да фотосинтезират. От друга страна, фитопланктонът е фотосинтетичен планктон, който е автотрофен. Освен това фитопланктоните съхраняват енергия чрез фотосинтеза и зоопланктонът и нектонът (едри животни, които активно се движат във водния стълб) се хранят с тях. Хората и други хищници се хранят в голям мащаб с нектон и някои по-големи зоопланктони. Също така човешките дейности, като замърсяването на околната среда, до голяма степен влияят негативно върху този енергиен поток, който започва от фитопланктона.
