Ключовата разлика между V тип и F тип ATPase е, че V тип ATPase работи като ATP задвижвана йонна помпа, докато F тип ATPase функционира като ATP синтаза в клетките.
ATPase е термин, който се отнася до ензими, които са в състояние да хидролизират ATP. Обикновено АТФазите разграждат АТФ и енергията, отделена по време на реакцията, се използва, за да върши работа, тъй като АТФ е енергийната валута, която осигурява енергия за всички повечето клетъчни процеси. Разбивката на ATP се нуждае от ATPases. Следователно АТФазите понижават енергията на активиране на АТФ хидролизата. Има четири основни типа ATPases като F-ATPases, V-ATPases, A-ATPases и P-ATPases. АТФази от V тип се намират предимно в еукариотни клетъчни вакуоли. За разлика от това, АТФази от тип F се намират в бактериалните плазматични мембрани, вътрешната мембрана на митохондриите и хлоропластите. Те катализират хидролизата или синтеза на свързване на АТР с транспорта на Н + (или Na +) през мембраната.