Ключовата разлика между ендосимбиоза и инвагинация е, че ендосимбиозата е теория, която обяснява произхода на митохондриите и хлоропластите вътре в еукариотната клетка, докато инвагинацията е процес, който обяснява произхода на ядрото и други клетъчни органели чрез образуването на инвагинация от плазмата мембрана към вътрешността на клетката.
Учените вярват, че еукариотните клетки са еволюирали от прокариотни клетки. Те са разработили много теории, за да обяснят как е настъпила тази еволюция. Ендосимбиозата е една такава теория, която обяснява произхода на митохондриите и хлоропласта вътре в еукариотните клетки от прокариотните бактерии. Докато инвагинацията е процес, който обяснява произхода на ядрото и на други свързани с мембраната органели вътре в еукариотната клетка.
