Ключовата разлика между ендосимбиоза и симбиоза е, че ендосимбиозата е теория, която описва как митохондриите и хлоропластите са навлезли в еукариотните клетки, докато симбиозата е дългосрочно взаимодействие между два различни живи вида.
Организмите в една екосистема взаимодействат помежду си по различни начини. Симбиозата е взаимодействие, което съществува между два различни вида, живеещи заедно. Някои взаимодействия са от полза и за двете страни, докато някои взаимодействия остават неутрални. Някои други взаимодействия обаче са вредни за едната страна, особено за организма гостоприемник, докато другата страна получава ползи за сметка на приемащата. Можем да видим всички тези видове взаимодействия в една екосистема. Този вид взаимодействия обаче са жизненоважни за стабилността на една екосистема. Ендосимбиозата, от друга страна, е теория, която обяснява произхода на еукариотната клетка от прокариотна клетка.
