Ключовата разлика между синтения и колинеарността е, че синтетичността е физическата колокализация на генетични локуси върху една и съща хромозома при видовете, докато колинеарността е физическата колокализация на генетични локуси върху една и съща хромозома при различни видове, запазващи същия ред.
Синтенийът и колинеарността са два термина, които се използват взаимозаменяемо в геномиката. И двата термина описват моделите на локализация на гените върху хромозомите при различни видове. Тези свързани генни споразумения сред таксоните са ценна информация, когато се прави извод за споделено потекло на гени. Synteny се отнася до физическата колокализация на генетични локуси върху една и съща хромозома при видове. Колинеарността се отнася до физическата колокализация на генетични локуси върху една и съща хромозома при различни видове, запазващи един и същ ред. Следователно това е форма на синтез.
