Ключовата разлика между ембрионалните и соматичните стволови клетки е, че ембрионалните стволови клетки са плюрипотентни недиференцирани клетки, които имат ембрионален произход, докато соматичните стволови клетки са мултипотентни недиференцирани клетки, които са от тъкан и органи.
Стволовите клетки са недиференцирани клетки, които могат да се превърнат в истински тъкани или органи. Обикновено има два основни типа стволови клетки като ембрионални стволови клетки и възрастни стволови клетки (соматични стволови клетки). В случай на диференциация, ембрионалните стволови клетки могат да се диференцират във всякакъв тип клетки. За разлика от тях, соматичните стволови клетки могат да се диференцират само в няколко тъканно специфични клетки. Следователно ембрионалните стволови клетки са плюрипотентни, докато соматичните стволови клетки са мултипотентни. С прости думи, способността за диференциация е висока при ембрионалните стволови клетки в сравнение с тази на соматичните стволови клетки.